Elsõ expedíciójuk során Milo és csapata megtalálta a sokáig csak legendának hitt vízalatti várost, Atlantiszt, és sikeresen megmentették a bukott birodalmat, valamint annak lakóit.
Milo, új barátnõje, Kida, valamint a legénység azonban nem pihenhet sokáig, hiszen három vadonatúj kaland vár rájuk.
A csapat kénytelen elhagyni a biztonságos Atlantiszt, mert a felszínen ismét titokzatos és gonosz erõk mûködnek elpusztításukon. Poros sivatagokon, végtelen jégmezõkön, hegyeken és tengereken átívelõ hihetetlen kalandjaik során hatalmas tengeri szörnyekkel, szellemekkel és csupán legendákból ismert félelmetes lényekkel kell megküzdeniük. Kida idõközben felfedezi Atlantisz kristályainak lélegzetelállító erejét és el kell döntenie, hogy Atlantisz Szívének erejét megossza-e a világgal, vagy bölcsebb dolog elrejteni a mágikus követ...