Varázslat és kaland vár FernGully-ban, a gyönyörû esõerdõben, ahol Batty, a denevér és társai — Crysta, Pips és a Bogár fiúk — összefognak, hogy megmentsék csodálatos világukat a gonosz Hexxustól. Crysta, a kíváncsi tündér, barátai figyelmeztetése ellenére elhatározza, hogy fölfedezi a FernGullyn kívüli világot. Találkozik Zakkal, az Emberrel, aki segédkezik az esõerdõ kiirtásában.

Amikor Zak megpillantja FernGully szépséges világát, nem segít többet a favágóknak. Az ördögi Hexxus azonban veszélyes ellenfél, és semmilyen eszköztõl nem riad vissza, hogy az utolsó esõerdõt eltörölje a föld felszínérõl…